Итак может кто-то сталкивался. Ситуация предельна проста. Создаем новый проект.
На 1 вьюкотроллер кидаем кнопку, создаем segue от кнопки к 2-му контроллеру, тип segue выбираем show (push) . Запускаем: все как и ожидалось.
Меняем тип segue на modality. Запускаем, все как и ожидается. А вот теперь меняем назад на show (push). Запускаем - 2 контроллер показывается все равно как модалити. Xcode 8.3.3